Litauen stengte raskt flyplassen i hovedstaden etter at dronen var observert i luften onsdag formiddag.
Myndighetene varslet innbyggerne i flere regioner. I Vilnius fylke ble det satt rødt farenivå, og innbyggerne ble bedt om umiddelbart å søke dekning, skriver kringkasteren LRT.
«Søk tilflukt umiddelbart på et trygt sted, ta vare på dine nærmeste, vent på nye anbefalinger», het det i meldingen.
Det nasjonale krisehåndteringssenteret bad skoler og barnehager om å bringe barn i sikkerhet.
Det ble også sendt et varsel til nasjonalforsamlingen. Ifølge det nasjonale nyhetsbyrået gikk også presidenten og statsministeren i beskyttelsesrom.
Varselet ble opphevet etter kort tid og det ble erklært trygt å forlate tilfluktsrommene. Flytrafikken ble gjenopptatt.
Ifølge det litauiske forsvarsdepartementet fløy dronen i ulike retninger.
Departementet opplyser at dronen først så ut til å være på vei mot Lentvaris i nærheten av Vilnius, men endret retning.
Kampfly fra Nato fikk beskjed om å jakte på dronen og ødelegge den, men i en oppdatering fra det litauiske militæret heter det at flyene aldri fant dronen.
Det nasjonale krisehåndteringssenteret sier at dronen var av militær type, og at de foreløpig ikke vet om den har styrtet eller har forlatt luftrommet.
Droner på avveier
I går skjøt et rumensk Nato-kampfly ned en drone som kom inn i luftrommet til Estland.
Ifølge den estiske forsvarsministeren Hanno Pevkur var dronen trolig ukrainsk.
Droner fra Ukraina har flere ganger entret luftrommet til Nato- og EU-land med grenser til Russland.
Myndighetene har forklart at dronene har kommet på avveier som følge av russisk jamming.
Robertas Kaunas, forsvarsministeren i Litauen, sier de foreløpig ikke vet om dronen som ble oppdaget i dag, er ukrainsk.
Litauen har ingen direkte grenser til verken Russland eller Ukraina, men den russiske enklaven Kaliningrad ligger vest for Litauen.
Russiske myndigheter hevder de baltiske landene, Latvia, Litauen og Estland, lar Ukraina bruke deres luftrom til droneangrep mot Russland.
Natos generalsekretær Mark Rutte sa onsdag at anklagene er tåpelige, og at ukrainske droner havner på avveier som følge av Russlands krig mot Ukraina.
Interessert i mer utenriks? Hør den siste podkasten fra Urix: