Møtet i Helsingborg er første gang et høynivåmøte i Nato holdes på svensk jord etter at Sverige ble medlem av forsvarsalliansen for to år siden.
USAs utenriksdepartement har på forhånd sagt at Rubio skal diskutere «større byrdefordeling» innad i alliansen.
Møtet på slottet Sofiero startet torsdag, men Rubio er først med i dag.
– Som for alle allianser, må det være bra for alle som er involvert. Det må være en klar forståelse av hva forventningene er, sa Rubio.
Toppmøte i Tyrkia
Utenriksministermøtet er også et forberedelsesmøtet før Natos toppmøte i tyrkiske Ankara 7. og 8. juli.
USAs president Donald Trump er blant de som har meldt at de kommer til det møtet.
Rubio sier at USAs skuffelse over Nato vil bli et tema på dagens møte, men at det blir opp til topplederne å ta det videre.
– Det kommer ikke til å løses i dag, sier Rubio.
Kritisk til Spania
Samtidig er det første gang Rubio møter Nato-allierte siden de store uenighetene i alliansen i forbindelse med Iran-krigen.
Før avreise sa Rubio at Trump var «svært skuffet» over enkelte Nato-medlemmer som ikke hadde tillatt USA å bruke baser på deres territorium til krigen. Han pekte spesielt på Spania.
– Du har land som Spania som nekter oss å bruke disse basene. Vel, hvorfor er dere da med i Nato? Det er et svært rimelig spørsmål, sa Rubio til journalister i Miami.
Rubio kritiserte også andre Nato-land mer generelt.
– USAs president ber dem ikke om å sende kampfly. Men de vil ikke gjøre noe i det hele tatt. Vi er veldig opprørte over det, sa Rubio.
Nato 3.0
– Vi skal nå bygge Nato 3.0. Det krever et sterkere Nato og et sterkere Europa, sier utenriksminister Espen Barth Eide til NRK i Helsingborg.
Han sier at det blant annet handler om å synkronisere amerikanske nedtrekk av styrker i Europa med en oppbygging på europeisk side.
Eide trekker frem at en rekke Nato-land har sagt at de gjerne bidrar til å skape åpning og stabilitet i Hormuzstredet på sikt.
– Det mener jeg er et viktig budskap fra oss, sier Eide.
– En skjebnetid
Marianne Riddervold, forsker ved Arena senter for europaforskning og Norsk utenrikspolitisk institutt, sier at vi er i en skjebnetid for Nato.
– Spørsmålet nå er hvordan kommer Nato til å se ut i fremtiden, sier hun.
Riddervold sier at utenriksminister Rubio snakker veldig tydelig om at USA er skuffet over de europeiske Nato-landenes innstilling til Iran-krigen.
– Det viser hvor stor skuffelsen er i USA, men samtidig han også en god diplomat og jeg tror han også ser betydningen av et godt forhold til Europa, sier Riddervold.
Tropper til Polen
På en pressekonferanse i morges sa generalsekretær Mark Rutte seg glad for at USA har sagt at de vil stasjonere 5000 soldater i Polen.
President Trump kunngjorde det torsdag kveld etter at stasjoneringen tidligere hadde vært trukket i tvil.
– Selvfølgelig ønsker vi kunngjøringen velkommen, sa Rutte. Likevel understreket han at den europeiske delen av Nato er i ferd med å styrke seg.
Kommentar Nato i dyp krise foran toppmøte i Sverige
Flere demonstrasjoner
Ifølge SVT er det varslet flere demonstrasjoner mot Nato i Helsingborg fredag.
Blant annet planlegger den nystartede organisasjonen Shut down Nato å demonstrere, selv om de ikke har fått tillatelse.
Minst to andre organisasjoner har også varslet at de vil demonstrere.
– Det er ikke hverdagsmat for oss å håndtere så mange, sier Fredrik Brokopp, som arbeider med dialog i politiet i Helsingborg.